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2012年11月12日,申報“神經外科與消化內科”等學科為省級重點專科。2013年4月8日,山東省衛生廳公布省醫藥衛生重點學科、市立醫院神經外科、消化內科被評為省醫藥衛生重點學科;12月27日,山東省衛生廳公布2013年度省級臨床重點專科及創建單位名單,市立醫院血液內科成為省級臨床重點專科創建單位。2014年3月25日,山東省衛生和計劃生育委員會公布2014年度省級臨床重點專科及建設單位名單,市立醫院風濕免疫科成為菏澤市第一個省級臨床重點專科。2015年1月9日,菏澤市衛生和計劃生育委員會公布菏澤市第一批市級重點專科,醫院血液內科、神經內科、呼吸內科、普外科、骨外科、內分泌科、胸外科、婦產科、麻醉科、腫瘤科10個專業科室成為菏澤市第一批臨床重點專科;2015年12月5日,菏澤市衛生和計劃生育委員會公布菏澤市第二批市級臨床重點專科,醫院神經外科、心內科、泌尿外科、消化內科、重癥醫學科5個專業成為第二批市級臨床重點專科。

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